Tudo começou em 1907, quando o padre Frederico Maute foi caçar borboletas, besouros e cobras, com duas caixas de gravatas vazias. A partir dessa pequena coleção de animais, nasceu o Museu do Colégio Catarinense, hoje chamado Museu do Homem do Sambaqui “Pe. João Alfredo Rohr, S.J.”, em homenagem às descobertas arqueológicas de outro padre, responsável pela organização de todo o seu acervo a partir de 1964.

Especializado em arqueologia pré-histórica, conta com cerca de 5 mil peças, algumas com, aproximadamente, 8 mil anos. Grande parte delas está exposta, em caráter permanente, no quarto andar do Colégio Catarinense, onde fica o museu.

Destacam-se esqueletos retirados de sítios arqueológicos descobertos, pelo Padre Rohr, na ilha e no interior do estado catarinense, urnas funerárias, sepultamentos indígenas, artefatos indígenas líticos e fragmentos cerâmicos.

O museu dispõe, ainda, de uma área de animais embalsamados e coleções de moedas, moluscos, rochas e vestes litúrgicas antigas. A principal missão da instituição é preservar e divulgar a “pré-história” do litoral sul do Brasil.

Assim, procura fornecer subsídios para a compreensão da ocupação do território catarinense, por meio da exposição de seu acervo e do desenvolvimento de pesquisas.